以東山紀之飾演的刑警天樹悠為核心，七人專家組在東京臨海地區展開第三季調查。本季聚焦天樹亡妻清十二年前的死亡真相，該事件與臨海地區開發利益糾葛產生關聯。在司法解剖教授堂本俊太郎（北大路欣也飾）隱瞞多年的秘密被揭開后，原本判定為事故的案件浮現兇殺可能性。原別動搜查隊成員在片桐正敏課長（吉田鋼太郎飾）重組下成立第11方面本部準備室，面對伴隨區域開發激化的國際犯罪網絡。高島政宏飾演的沙村康介、倉科加奈飾演的水田環等成員各展專長，對抗以臨海地區為據點的幕后黑手。隨著調查深入，天樹與堂本的關系因清之死產生裂痕，七人組成員在追查過程中屢次突破常規執法界限。天樹女兒圣的意外死亡往事與當前案件形成雙重線索，法醫學證據與犯罪預測系統提供的新型偵查手段交織推進，在揭露隱藏真相的同時，也暴露出團隊內部的信任危機與價值觀沖突。