《相棒Pre-Season》以警視廳特命組原型案件為背景，通過三集獨立單元劇展開。第一話"刑警殺害警察事件"（2000年6月3日）中，警視廳內部調查科刑警涉嫌槍殺同僚，在勝部演之飾演的警務官主導調查下，揭露了警察系統內部權力斗爭與腐化黑幕。第二話"連環割喉殺人案"（2001年1月27日）聚焦生瀨勝久飾演的連環殺手，其模仿二十年前未結懸案作案手法引發社會恐慌，最終通過DNA鑒定技術突破鎖定真兇。第三話"大學醫院助教墜樓案"（2001年11月10日）圍繞伊藤裕子飾演的醫學界新星死亡展開，隨著東根作壽英扮演的心外科權威涉案，逐漸牽出器官移植黑市交易與學術造假丑聞。全季通過寺脅康文飾演的杉下右京嚴謹推理，展現其早期職業生涯中對體制痼疾與人性陰暗面的深刻認知。