杰西（杰森·詹姆斯·里希特飾）成年后加入海岸科考隊，與回歸海洋家園的座頭鯨威利重逢。某次巡邏中他意外介入非法捕鯨者約翰（帕特里克·基爾帕特里克飾）對威利的獵捕行動——約翰慣于帶兒子麥克斯（Vincent Berry飾）同行，使男孩對鯨群既親近又矛盾。沖突升級時威利被困漁網瀕臨窒息，杰西及時解救并帶麥克斯見證海洋生態的脆弱。盡管父親執意繼續捕鯨，威利卻在暴風雨中主動營救落水的約翰。這場生死救援徹底動搖了麥克斯對捕鯨業的認知，最終促使約翰在兒子與威利的見證下親手焚毀捕鯨船。電影以鯨群鳴叫呼應人類與自然關系的轉變，延續該系列對跨物種友誼的刻畫。