公元2199年，歷經千難萬險的宇宙戰艦大和號終于憑借次元波動引擎抵達伊斯坎達爾星。幾經修整，人類決定啟程離開大麥哲倫銀河，誰知卻在大麥哲倫的外緣遭遇一支神秘機動部隊的刁難。對方正是來自白色彗星帝國、以蠻橫勇猛著稱的戰斗民族加特蘭蒂斯。該部隊的指揮官是帝國遠征軍大都督，人稱“雷鳴”的哥蘭·達卡姆（大友龍三郎配音）。哥蘭蠻橫無理地要求地球人交出軍艦，在遭到拒絕后，他突然祭出最新式的武器——火焰直擊炮。千鈞一發之際，大和號躲開了火焰直擊炮的攻擊，卻不小心進入了一個灰蒙蒙的神秘空間。軍艦仿佛有了自己的意識，自顧自朝著未知的星球行進。為了盡快找到回去的方法，古代進（小野大輔配音）、桐生美影（中村繪里子配音）、澤村、新見、相原等五人奉命登陸該星球搜集信息。在那里他們意外發現了本不該存在的軍艦以及在七色星團戰役中落敗的加米拉斯士兵，而對方已困在這里很長的時間。未過多久，加特蘭蒂斯的部隊尾隨而至，哥蘭驚訝地發現這正是他們一直苦苦尋求的寶藏之星……