明治時代初期，挫敗了志志雄一伙的陰謀之后，曾經的劊子手拔刀齋緋村劍心（佐藤健飾）終于和阿薰（武井咲飾）、左之助（青木崇高飾）等朋友們迎來了短暫的和平時光。然而曾經那個混亂時代所種下的因，終究要在和平的土壤里開出血色之花。隆隆的炮聲擊碎了表面的寧靜，一伙亡命狂徒向東京發起攻擊。領頭人名叫雪代緣（新田真劍佑飾），他正是當年在劍心的面頰和心靈深處留下永久傷疤的雪代巴（有村架純飾）的弟弟。姐姐與劍心曾締結婚約卻死于戰亂，這段往事令雪代緣將所有仇恨投向劍心本人。他通過制造硝石炸彈威脅整個東京，迫使劍心直面過往的殺戮宿命。面對雪代緣"以惡制惡"的復仇哲學，劍心在守護同伴與堅守不殺之誓的矛盾中艱難抉擇。最終決戰于伏見稻荷神社展開，劍心在齋藤一（伊勢谷友介飾）等舊識協助下粉碎了雪代緣的毀滅計劃，并用劍柄擊敗這個被仇恨吞噬的靈魂，以行動踐行贖罪誓言。