日本突然出現七個形態各異的巨大洞穴，包括直抵云層的巨型深淵與城市中心憑空裂開的無底洞。科學界束手無策，失蹤者皆無歸期。自稱"穴之神"的異端教派領袖小澤堅信洞穴蘊含救贖，其組織成員均需坦白入洞動機并留存記錄。12月1日，八名信徒在度假村完成儀式性告白后集體進入洞穴。隨行者中包含追尋失蹤女兒下落的地質學家、執著于超自然現象的研究員，以及渴望逃離現實困境的各色人物。洞穴內部呈現違背物理法則的空間構造，團隊在深入過程中遭遇集體幻覺、時間流速異常等現象。最終只有三人平安返回，帶回的巖石樣本檢測出未知重力場與外星微生物痕跡。