所謂的“除妖”，即是把由于某些緣由而從原本應在的“隱世”來到“現世”停留的妖怪們送回“隱世”這一工作。某天，被妖怪附體的高中生·蘆屋花繪，依靠偶然發現的聯絡方式，來到了專門除妖的物怪庵，在那里的是一臉不高興的店主安倍晴齋。由于某些緣故，蘆屋就這樣以物怪庵奉公人的身份開始工作，在持續解決各類妖怪事件的過程中，兩人逐漸發現蘆屋體內寄宿著能吞噬妖怪的神秘力量，并與安倍的真實身份——被封印了記憶的鬼神產生關聯。隨著除妖工作的推進，他們不僅要面對因現世與隱世平衡崩壞而引發的異變，還需直面蘆屋體內寄生鬼神與安倍守護現世職責之間的宿命沖突。