吾妻玲二（入野自由配音）本是一介普通的少年，一次偶然中被卷入黑社會(huì)暗殺事件，作為目擊證人被列入"消抹名單"。組織內(nèi)部的洗腦專家塞斯（千葉一伸配音）發(fā)現(xiàn)玲二體內(nèi)隱藏的強(qiáng)大潛能，消除其記憶后將其改造成代號(hào)Zwei的殺人機(jī)器。負(fù)責(zé)訓(xùn)練玲二的少女Ein（高垣彩陽配音）同樣失去過往記憶，表面冷靜的她始終掙扎于"人性與機(jī)械化"的矛盾中。隨著相處加深，玲二逐漸喚醒Ein被壓抑的人性意識(shí)，在意識(shí)到自身作為兵器的危險(xiǎn)處境后，兩人決意逃離組織掌控。組織派出追兵持續(xù)圍剿，玲二在逃亡過程中逐步恢復(fù)記憶并擺脫洗腦控制。最終這對(duì)少年少女憑借覺醒的戰(zhàn)斗能力與真摯情感，成功瓦解了持續(xù)操控他們的秘密組織。在摧毀實(shí)驗(yàn)基地的決戰(zhàn)中，玲二體內(nèi)的雙重人格達(dá)成和解，與Ein共同獲得真正自由。