中島敦與芥川龍之介成功擊退國(guó)際犯罪組織"組合（Guild）"首領(lǐng)弗朗西斯·F后，武裝偵探社與港口黑手黨的休戰(zhàn)協(xié)議維持著橫濱的脆弱和平。然而新宿戰(zhàn)場(chǎng)殘留的異能輻射持續(xù)影響城市生態(tài)，死屋之鼠趁機(jī)滲透港口都市。太宰治察覺(jué)到"魔人"覺(jué)醒引發(fā)的異能暴走現(xiàn)象日益嚴(yán)重，這種威脅正與費(fèi)奧多爾·D策劃的"黑手黨改造計(jì)劃"產(chǎn)生共振。前蘇聯(lián)特工首領(lǐng)通過(guò)操控異能者暴動(dòng)，試圖同時(shí)瓦解兩大組織的權(quán)力根基。偵探社派出泉鏡治追蹤異能失控事件時(shí)，發(fā)現(xiàn)港口黑手黨新任干部正在秘密回收Guild遺留的生化武器"斯拉變種"。當(dāng)橫濱港灣連續(xù)出現(xiàn)被改造的異能暴走者襲擊事件，敦與芥川不得不暫停休戰(zhàn)協(xié)議，在太宰的引導(dǎo)下直面這場(chǎng)由費(fèi)奧多爾精心策劃的"新都市戰(zhàn)爭(zhēng)"。