分隔在兩個世界的愛力克兄弟二人，使用各自的手段嘗試著兄弟再會。哥哥愛德華穿過“門”來到真實世界，公元1923年的德國慕尼黑，一場世界大戰即將到來。無法在這個世界使用煉金術的愛德華與長相酷似弟弟的青年愛爾凡斯共同研究火箭科技，試圖借助機械技術突破維度屏障返回原世界。另一側的煉金術世界中，弟弟阿爾馮斯通過修行獲得強大煉金術能力，身著標志性的紅色大衣化身“鎧之煉金術師”，與溫莉等人組成的國家煉金術士團隊持續探尋跨維度通訊的可能性。慕尼黑地下組織通過人體實驗啟動“香巴拉”儀式，強行打開連接兩個世界的次元裂隙并釋放出異界兵器。兄弟二人分別識破該組織企圖利用跨維度能量征服兩個世界的陰謀，在時空坍縮前的關鍵時刻通過門之兩側的協同作戰，以機械甲胄與火箭裝置完成跨維度能量共振，最終成功關閉失控的次元通道并阻止災難蔓延。