宮藤芳佳在摧毀Neuroi巢穴的戰斗中失去魔法力量，501部隊解散后返回扶桑享受平靜生活。在原上官坂本等人的安排下，她與曾是海軍兵學校的坂本學生服部靜夏同行，前往歐洲醫學校留學。與此同時，原501部隊成員們雖分散各地生活，卻因芳佳重返歐洲及新出現的Neuroi威脅跡象逐漸重聚。當芳佳與靜夏在歐洲旅途中遭遇前所未有的強敵Neuroi時，芳佳陷入生死存亡的至暗時刻。關鍵時刻，501部隊成員突破重重阻礙完成集結，在全員協作下成功逆轉戰局，最終以新型戰術裝備與團隊默契配合擊潰Neuroi主力部隊。