小新一家與風(fēng)間、妮妮、正男、阿呆共同報(bào)名動(dòng)感超人周年紀(jì)念南海之旅。在電影首映會(huì)的郵輪上，春日部居民突遭神秘猴群襲擊并集體失蹤。由動(dòng)感超人團(tuán)隊(duì)帶領(lǐng)的救援隊(duì)抵達(dá)示巴島時(shí)，發(fā)現(xiàn)本應(yīng)留守的小葵與小白已先期抵達(dá)，且島嶼深處傳來機(jī)械運(yùn)轉(zhuǎn)聲。小新追蹤異象至叢林深處，意外發(fā)現(xiàn)偽裝成香蕉種植園的地下基地，揭露了阿篤博士通過基因改造培育戰(zhàn)斗猴群、企圖建立"香蕉之國"統(tǒng)治世界的陰謀。在解救被困大人的過程中，小新意外觸發(fā)基地核心裝置，使被改造的猴群恢復(fù)本性。最終眾人聯(lián)手挫敗反派計(jì)劃，全員乘坐掛著動(dòng)感超人旗幟的救生艇返回日本。