經(jīng)過與一十一（神木隆之介飾）的惡戰(zhàn)，瀨文焚流（加瀨亮飾）身受重傷，命幾不保。在此期間，青池里子（栗山千明飾）隨女兒小潤（森山樹飾）悄然離開醫(yī)院；而各國政要的一次關(guān)于簡單計(jì)劃的秘密會議上，自稱卑彌呼的日本代表抹殺所有人，他代表SPEC持有者正式向普通人類宣戰(zhàn)。世態(tài)險(xiǎn)惡的當(dāng)下，瀨文急急出院，和當(dāng)麻紗綾（戶田惠梨香飾）一同調(diào)查青池母女的行蹤，發(fā)現(xiàn)小潤竟是前人類滅絕前誕生的關(guān)鍵后代；而野野村組長（龍雷太飾）則獨(dú)自行動(dòng)，查找簡單計(jì)劃病毒疫苗的下落以阻止卑彌呼通過空氣傳播消滅普通人類的種族清洗。新的SPEC持有者交替登場，殘酷的殺戮卻從未停止。關(guān)于前人類的秘密昭然若揭，卑彌呼操控內(nèi)閣官房長官身份推動(dòng)戰(zhàn)爭機(jī)器，野野村最終以生命為代價(jià)取得疫苗卻遭背叛。慘烈浩大的人種戰(zhàn)爭即將拉開序幕，SPEC之力與人類命運(yùn)的終極博弈全面爆發(fā)……本片為SPEC系列完結(jié)篇的前篇。