《好女當差》以CID探員工作為主線,深入刻畫警界人物的職業與生活。童芷珊(陳玉蓮飾)作為楊森(曾江飾)麾下女探員,面對復雜家庭關系:母親改嫁不務正業的歌手后,與妹妹相依為命卻矛盾頻發。工作中她干勁十足獲上司賞識,性格外冷內熱形成鮮明反差。
警界資深搭檔楊森與陳剛(呂良偉飾)情同手足,前者因火爆性格常遭投訴科郭倩宜(警民關系科主任)處理,兩人從職場對立到在陳剛撮合下終成眷屬。陳剛原與妻子感情深厚,卻因妻子在案件中意外遇害性情大變。數年后楊森升任沙展,與妻子郭倩宜因工作理念分歧漸生裂痕。
童芷珊對陳剛萌生情愫遭拒后,偶遇從事非法行業的高朗亭(湯鎮業飾)。從初始憎惡到逐漸理解彼此相似身世,兩人暗生情愫。陳剛借追查高朗亭之機向童芷珊示愛,卻意外引發真實情感。劇中人物在家庭羈絆、職場沖突與情感糾葛中交織,童芷珊更在陳剛與高朗亭間陷入復雜的情感拉扯。