古老帝國拉普達是一座漂浮在空中的巨大機械島嶼，傳說已無人居住卻蘊藏無盡財富。礦工巴魯偶遇自稱拉普達后裔的少女希達，發現她身攜能指引方向的飛行石。為爭奪這一關鍵信物，軍方與海盜展開了激烈追逐。兩人在逃亡途中被軍隊俘獲，巴魯被迫聯手海盜勢力實施營救。成功解救希達后，他們發現軍隊統帥慕斯卡企圖利用拉普達的終極力量統治世界。為阻止這場災難，眾人共同踏上尋找天空之城的旅程，在穿越重重危機后終于抵達這座懸浮于云端的機械文明遺跡。面對軍隊圍剿，希達與巴魯在核心控制室念出古老咒語「崩塌」，使整座城市解體為無數根系狀生命體升入天際，徹底粉碎了人類對絕對權力的覬覦。