在《黑客帝國2：重裝上陣》中，尼奧（基努·里維斯飾）在錫安基地被奉為救世主，與崔妮蒂（凱瑞-安·莫斯飾）和墨菲斯（勞倫斯·菲什伯恩飾）受到人類幸存者的擁戴。此時母體啟動毀滅計劃，派出兩萬五千臺電子烏賊進攻錫安地下城。三人組重返虛擬世界尋找"制鑰者"以突破矩陣核心系統，卻發現特工史密斯（雨果·維文飾）已變異為脫離母體控制的病毒程序，通過無限復制能力持續阻撓行動。尼奧在先知處得知必須擊敗史密斯才能阻止烏賊進攻，而獲得制鑰者開啟源頭權限后，三人遭遇銀衣人（赫爾穆特·巴凱蒂斯飾）率領的系統守衛。最終尼奧在真實世界與烏賊群展開殊死搏斗，而史密斯病毒已滲透錫安防御系統。當尼奧與史密斯在虛擬空間展開終極對決時，墨菲斯等人發現錫安防線已被突破，母體重啟程序已啟動新一輪循環。