在擊敗萬磁王后，X教授領導的變種人仍未獲得社會認同。一次針對政治要人的暗殺事件后，前特種部隊將軍威廉·史崔克借機煽動反變種人輿論，并通過媒體操控將矛頭指向X教授團隊。面對史崔克領導的全國性圍剿壓力，白宮不得不與X教授展開緊急磋商。在史崔克突襲X學院并俘獲多名變種人后，萬磁王被迫與X教授結成臨時同盟。金剛狼在追蹤過程中逐步揭開自己的身世之謎：史崔克曾秘密對他進行"X武器"實驗，導致其記憶喪失。最終變種人聯軍突襲史崔克位于阿爾卡蒂亞的地下基地，發現其企圖利用腦波強化機消滅全球變種人的計劃。在摧毀核心設施后，雙方暫時合作宣告終結，金剛狼則選擇繼續追尋自己的過往。