戰國時代，年輕忍者越智吉丹因厭棄武田勢力的暴虐統治，懷揣建立獨立城邦的夢想流浪諸國。其行蹤被武田頂尖忍者雀三郎左追蹤，同時遭遇野心家銅子播磨的截擊。在神秘鄉野武士（實為織田家臣木下藤吉郎）建議下，越智吉丹與同伴混入由有吉宗介領導、女指揮官阿磯統轄的馬借隊，該組織以運輸物資為業。藤吉郎委托其秘密運送當時最新型火器"種子島"，并同時策反村上水軍參戰。武田忍者突襲村上船隊時發現貨物實為石塊，而馬借隊真實運送的火槍亦在途中遭遇圍剿。危急關頭，藤吉郎部下蜂須賀小六現身解圍，揭示真火器早已由其另行轉移。目睹陰謀達成的越智吉丹拒絕藤吉郎招攬，攜阿磯策馬消失在荒原盡頭。