繁華大都會(huì)美國紐約，邪惡領(lǐng)袖施萊德率領(lǐng)的大腳幫在城市內(nèi)為非作歹，甚囂塵上。安保公司老板埃里克·薩克斯（威廉·菲德內(nèi)爾飾）推出最新安保系統(tǒng)，發(fā)誓維護(hù)城市的和平。第6頻道女記者愛普爾·奧尼爾（梅根·福克斯飾）偶然拍到大腳幫被四名神秘俠客挫敗的畫面，在第二次遭遇非常事件時(shí)，她驚訝地發(fā)現(xiàn)四名俠客竟然是變異后的巴西龜：拉斐爾、列奧納多、米可朗基羅、多納泰羅。忍者神龜?shù)拿止雌鹆藧燮諣杻簳r(shí)的記憶，當(dāng)年她的父親與薩克斯正是研究生物變異實(shí)驗(yàn)的伙伴。她將這個(gè)消息告訴給薩克斯，可是在和忍者神龜及其老師斯普林特會(huì)面后，才發(fā)覺薩克斯與施萊德是這座城市內(nèi)的罪惡之源——兩人曾通過非法實(shí)驗(yàn)制造變種生物以牟取暴利，廢棄下水道中的變異設(shè)施最終被忍者神龜摧毀。在愛普爾協(xié)助下，四兄弟與斯普林特揭露了薩克斯的安保系統(tǒng)實(shí)為控制城市的武器，通過正面對(duì)抗終結(jié)了施萊德的陰謀。戰(zhàn)后紐約恢復(fù)平靜，忍者神龜選擇繼續(xù)守護(hù)城市安全。本片根據(jù)同名經(jīng)典漫畫改編。