五年前的“舊金山事件”后，帝王組織持續秘密研究泰坦巨獸。61號基地內，摩斯拉破繭暴走，艾瑪·羅素博士試圖用聲波設備控制它時被雇傭兵劫持。前軍方人員艾倫·喬伊斯借機奪取設備，企圖喚醒冰川中的遠古巨獸基多拉以實現人類統治野望。芹澤博士為阻止災難，與艾瑪的前夫馬克·錢德勒合作展開營救。隨著聲波裝置激活，全球沉睡的泰坦相繼蘇醒，基多拉更以三頭巨龍形態引發氣候災難。最終人類通過犧牲設備核心重啟裝置，迫使基多拉與哥斯拉展開王位爭奪戰。經歷激烈空戰后，哥斯拉以原子吐息擊殺基多拉，在波士頓海岸仰天怒吼確立統治地位，而摩斯拉則以羽翼屏障庇護人類撤離。這場怪獸浩劫使帝王組織重新評估與巨獸關系，地球進入人與泰坦共存的新紀元。