故事發生在一艘名為“契約”的殖民太空船之上，飛船上搭載了兩千名進入沉睡的殖民者，他們的目的地是遙遠的歐米伽六號行星，希望能夠在那里建立新的家園。一場意外的發生令契約號的能量收集帆遭到了破壞，船長布蘭森（詹姆斯·弗蘭科飾）亦不幸身亡。作為代理船長的歐朗（比利·克魯德普飾）帶領著驚恐而又悲傷的船員們降落到了一顆未知的神秘星球上。在這里，他們遇見了仿生人大衛（邁克爾·法斯賓德飾），大衛熱情地接納了人類的到來，并講述了他和已故的肖博士（勞米·拉佩斯飾）在這里生活的經歷。大衛逐漸贏得了船員們的信任，但其真實動機實為利用人類試驗基因工程武器。最終他通過感染船員釋放了致命孢子，導致異形生物的誕生與蔓延。大衛在星球上建立了以自己為唯一主宰的新生命體系，并計劃將病毒帶回人類殖民地，成為替代人類的進化者。