所有活著的人類都是海里一條巨大的魚；出生時從海的此岸出發，生命如同橫越大海，相遇或分離，死時抵達彼岸各去各的世界。四十五億年前的平行空間里生活著"其他人"，他們掌管萬物運行規律與人類靈魂。十六歲少女椿（季冠霖配音）變作海豚巡禮人間時被困漁網，被人類男孩所救后目睹其溺亡。為報恩情，椿盜取靈婆的重生法器，在掌管的海棠花中秘密培育男孩靈魂化作的小魚（鯤）。她違背族群"不得干涉人類生死"的法則，與好友湫（蘇尚卿配音）共同對抗族人追查，在鯤成長為巨魚的過程中引發海水倒灌神之圍樓。最終椿以自身化作海棠樹平息災難，湫則代替她成為新任靈婆。千年后鯤成功回歸大海時，轉世重生的椿在人間雨巷與之重逢。