許多年前，亞特蘭蒂斯女王（妮可·基德曼飾）與人類相知相戀，誕下混血之子亞瑟·庫瑞（杰森·莫瑪飾）。在海底導師維科（威廉·達福飾）的嚴苛訓練下，亞瑟逐漸掌握操控海洋生物的能力，卻始終因私生子身份無法見容于海底世界。其同母異父兄弟奧姆（帕特里克·威爾森飾）繼任亞特蘭蒂斯國王后，以人類污染海洋為由聯合海底七國發動戰爭。為阻止這場浩劫，維科與奧姆的未婚妻湄拉（安珀·赫德飾）帶領亞瑟穿越重重險境，踏上尋找傳說中能統御七國的三叉戟之旅。在海底深淵與遠古文明遺跡間，亞瑟直面魚人軍團、海溝族怪物等強敵。最終他奪得三叉戟，以半神之力擊敗奧姆并廢黜其王位，在七國加冕儀式上宣布建立包容陸地與海洋的新秩序，終結持續萬年的仇恨紛爭。