《黑幫奶爸》以9年前震驚江湖的"血腥星期二"事件為起點，颶風、小刀與洪九因該案件相識后組建偵探所"國民困難解決委員會"，共同向往著巴厘島的平靜生活。太山派內斗成為劇情轉折點——趙彪基為篡權殺害老大金保秀，并偽裝成意外事故。臨終托孤的金保秀將組織股份轉移給幼子哲洙，并將其交予洪九照料。算卦先生對趙彪基"尚有未竟之事將致死地"的預言，意外與嬰兒哲洙引發的系列變故形成因果鏈條。三人組雖多次嘗試拋棄這個燙手山芋，卻因律師承諾的3000萬報酬及逐漸萌發的親情羈絆被迫承擔起育兒責任。隨著跨國殺手追殺哲洙而來的，是洪九塵封多年的身世之謎。趙彪基持續清除異己的陰謀與颶風一伙守護哲洙的沖突相互交織，在訴訟時效終結前的六個月，這群另類監護人不僅要應對殺機四伏的局面，更因各自萌生的愛情與責任將守護對象從哲洙擴展至更多牽連者。