寇克船長與數位老部下作為嘉賓乘新企業號(NCC-1701-B)進行處女航時，飛船接到緊急救援任務。與此同時，在另一時空連續體內，麥爾斯文明遺孤索倫博士為阻止本種族母星隨時間推移墜入異次元裂隙，正展開毀滅性能量脈沖攻擊企業號。當皮卡特船長發現索倫的恒星摧毀裝置已鎖定地球所在的太陽系時，被困在時空裂隙中的寇克通過量子共振現象與企業號取得聯系。這位經歷20世紀核潛艇事故后被冷凍保存78年的傳奇艦長，憑借對本時空星圖的熟悉度協助新船員穿越麥爾斯裂隙。兩位相隔世紀的指揮官通過全息通訊系統建立戰術協同，在索倫啟動最終湮滅裝置前，寇克駕駛受損的古企業號殘骸與皮卡特配合完成引力牽引，成功將裂隙引向索倫所在的麥爾斯行星遺跡。任務完成后，寇克選擇駕駛古企業號殘骸駛向深空繼續探索使命。