科學犯罪對策團隊第三季再次面對一系列離奇案件，成員們運用法醫分析、基因測序及AI數據追蹤等尖端科技手段，在充滿超自然表象的犯罪現場中尋找物理證據。藤堂玲司率領團隊破解偽裝成靈異現象的機械詭計，揭露隱藏在基因編輯技術背后的非法實驗網絡。團隊成員間因倫理界限產生分歧，但最終通過交叉比對生物信息數據庫鎖定真兇。案件涉及神經科學領域的人體實驗受害者，其遺留的加密數據成為解開連環謎題的關鍵線索。最終通過全息影像重建案發現場，證實犯罪者利用量子糾纏原理實施跨時空作案的新型手法。