21世紀(jì)初，人類因哥斯拉入侵被迫啟動(dòng)星際移民計(jì)劃卻以失敗告終。兩萬年后，重返地球的幸存者發(fā)現(xiàn)動(dòng)植物均異化為怪獸，面對統(tǒng)治這顆星球、身高達(dá)300米的哥斯拉·地球，青年晴男與外星種族弗圖亞雙子瑪伊娜和米亞娜合作，利用機(jī)械哥斯拉殘骸中的納米金屬啟動(dòng)武裝要塞都市展開對抗。人類與比爾沙爾德族因理念分歧爆發(fā)沖突，晴男堅(jiān)持"以人之姿戰(zhàn)勝怪獸"的信念，在擊斃意圖異化的首領(lǐng)加爾格后陷入迷茫。其青梅竹馬優(yōu)子因納米金屬化實(shí)驗(yàn)瀕臨腦死，異星宗教勢力埃克西弗則借機(jī)宣稱晴男為"奇跡之人"以擴(kuò)張勢力。當(dāng)金色基多拉降臨地球，三重超巨型生物的碰撞掀開最終決戰(zhàn)序幕。在跨物種的意識(shí)形態(tài)對抗與文明存續(xù)危機(jī)中，晴男必須直面人類本質(zhì)、哥斯拉起源及物種進(jìn)化方向的核心命題。