21世紀初人類放棄地球啟動阿拉特拉姆移民計劃，但歷經二十年失敗后被迫重返母星。時空歪曲使他們來到兩萬年后的地球，主人公晴男與異星種族埃克西弗、比爾沙爾德共同實施謀劃二十年的"對哥斯拉戰(zhàn)術"，在浴血奮戰(zhàn)中成功擊倒初代哥斯拉。然而地下沉睡的三百米巨獸"哥斯拉·地球"蘇醒，徹底摧毀人類防線。瀕死之際被弗圖亞族少女米亞娜所救的晴男，得知這是人類后裔面對終極威脅的最后機會——曾孕育文明的土地已被納米金屬構筑的機械神殿覆蓋，所有反抗者皆被熔于哥斯拉之焰。比爾沙爾德指揮官加爾格發(fā)現(xiàn)關鍵線索：弗圖亞使用的金屬箭頭與二十世紀未完成的機械哥斯拉同源，證明富士山基地遺跡仍在地球上某個角落沉睡。