戰(zhàn)斗機(jī)飛行員函南優(yōu)一（加瀨亮配音）來(lái)到基地報(bào)道，等待他的是全新的生活環(huán)境與熟悉的飛行戰(zhàn)斗。在這里，函南優(yōu)一遇到了各式各樣的戰(zhàn)友，與不茍言笑的長(zhǎng)官草薙水素（菊地凜子配音）。函南優(yōu)一獲得了一架新戰(zhàn)斗機(jī)，但是基地里的戰(zhàn)友們都對(duì)戰(zhàn)斗機(jī)的前任駕駛員緘默不語(yǔ)。于是函南優(yōu)一開始留意相關(guān)的消息，他漸漸知道前任駕駛員已經(jīng)去世，而事件本身與草薙水素有莫大的關(guān)系。隨著調(diào)查的深入，函南優(yōu)一逐漸發(fā)現(xiàn)飛行員群體中存在"永恒之子"現(xiàn)象——這些駕駛員因特殊體質(zhì)能在死亡后重生，卻始終被困在循環(huán)的空戰(zhàn)中。草薙水素作為前任駕駛員的監(jiān)護(hù)人，與函南共同發(fā)現(xiàn)了機(jī)體記憶裝置中隱藏的人體實(shí)驗(yàn)真相。每天進(jìn)行的戰(zhàn)斗實(shí)為維持系統(tǒng)運(yùn)作的必要程序，而突破循環(huán)的關(guān)鍵在于摧毀承載記憶的核心裝置。最終函南與戰(zhàn)友駕駛新型機(jī)沖破基地屏障，在太陽(yáng)風(fēng)爆發(fā)前完成了對(duì)系統(tǒng)中樞的破壞，終結(jié)了這場(chǎng)跨越數(shù)十年的存在主義困局。