《偷偷愛著你SP》作為電視劇《花樣少年少女》的特別篇，延續原作漫畫改編故事線，并補充TV版未展現的畢業典禮場景。劇情圍繞女扮男裝的中津瑞稀（堀北真希飾）轉入櫻咲私立高校展開，此前因她間接導致跳高天才佐野泉（小栗旬飾）受傷退役。SP故事始于瑞稀入學半年后的情人節，通過佐野泉與梅田秀一（生田斗真飾）的回憶，補全TV版第七集夏季合宿與第八集之間的空白時段——著重刻畫暑假期間眾人共同協助佐野泉修復心理創傷的過程。特別收錄的畢業典禮場景記錄了櫻咲學園學生們在經歷矛盾沖突后達成相互理解的重要時刻，完整呈現青春校園物語的核心情感羈絆。