1964年紐約布朗克斯區圣尼古拉斯天主學校內,修女阿洛伊修斯·貝維爾(梅麗爾·斯特里普飾)以鐵腕教條維持著校規秩序,而新來的布倫丹·弗林神父(菲利普·塞默·霍夫曼飾)則以開明溫和的態度贏得學生喜愛。作為該校首位黑人學生,唐納德·米勒(約瑟夫·福斯特飾)的異常舉止引起實習修女詹姆斯(艾米·亞當斯飾)警覺,后者將唐納德疑似遭受不當對待的疑慮上報給阿洛伊修斯。秉持對道德準則的絕對維護,阿洛伊修斯展開調查并認定弗林存在越界行為,試圖通過指控迫使教會高層采取行動。在與神父的對峙中,她發現證詞僅限于間接推測且缺乏物證支持。隨著多方角力升級,教會最終將弗林調離崗位,而唐納德的遭遇始終未獲實質性定論。事件在多方妥協中落幕,真相仍懸而未決。