1964年紐約布朗克斯區圣尼古拉斯天主學校內，修女阿洛伊修斯·貝維爾（梅麗爾·斯特里普飾）以鐵腕教條維持著校規秩序，而新來的布倫丹·弗林神父（菲利普·塞默·霍夫曼飾）則以開明溫和的態度贏得學生喜愛。作為該校首位黑人學生，唐納德·米勒（約瑟夫·福斯特飾）的異常舉止引起實習修女詹姆斯（艾米·亞當斯飾）警覺，后者將唐納德疑似遭受不當對待的疑慮上報給阿洛伊修斯。秉持對道德準則的絕對維護，阿洛伊修斯展開調查并認定弗林存在越界行為，試圖通過指控迫使教會高層采取行動。在與神父的對峙中，她發現證詞僅限于間接推測且缺乏物證支持。隨著多方角力升級，教會最終將弗林調離崗位，而唐納德的遭遇始終未獲實質性定論。事件在多方妥協中落幕，真相仍懸而未決。