遙遠的未來世界因國家紛爭而分崩離析，形成由戰斗戒律統治的管理社會"Zone66"。在這個階級森嚴的社會中，掌握絕對權力的統治者"Master"依靠守護戰士維持秩序，但系統已陷入全面崩壞危機。為挽救危局，Zone66啟動終極戰士開發計劃卻屢遭失敗，在第99號實驗體即將被處決之際，沉睡的超人類突然覺醒。這個代號"Tsurugi"的存在帶領殘存實驗體突破重圍，逐步揭開Master通過基因改造控制戰士的殘酷真相。面對系統派出的追擊部隊和覺醒后逐漸失控的力量，Tsurugi在同伴幫助下突破基因鎖限制，最終以自身為代價摧毀核心控制系統。其犧牲引發的連鎖反應徹底瓦解了Zone66統治體系，為人類帶來重新選擇自由發展道路的契機。