蒸汽機車甲鐵城的生駒與無名等人在海門廢棄驛集結，聯合當地居民組建對抗卡巴內的軍隊。生駒發現此地變異卡巴內具備群體智能與指揮體系，警告卻遭聯合軍高層駁回，并因自身卡巴內利身份遭受排擠。憤怒的生駒孤身潛入敵陣，意外揭露卡巴內首領的存在及其對群體行動的控制機制。無名在追查生駒下落時覺醒特殊感知能力，其卡巴內利體質成為破解敵群戰術的關鍵。面對即將突破防線的龐大卡巴內軍團，聯合軍被迫接納生駒的情報，雙方在甲鐵城與海門要塞間展開立體攻防。無名通過共鳴感知到卡巴內核心位置，生駒率領裝甲列車實施穿插打擊，在摧毀首領型怪物的決戰中完成對人與卡巴內共存可能性的新詮釋。