《蝙蝠俠大戰忍者神龜》講述了來自不同時空的英雄在危機中相遇的故事。當哥譚市出現神秘傳送門時，施萊德與貝恩兩大反派正聯手利用古代裝置擴大勢力范圍。忍者神龜為阻止宿敵追擊至此，意外與蝙蝠俠狹路相逢。雙方因身份認知差異爆發激烈沖突，在經歷多輪正面對決后，蝙蝠俠通過神龜的戰術風格識破施萊德與貝恩合流的陰謀。兩股正義力量最終達成共識，蝙蝠洞內的高科技裝備與忍者神龜的近戰能力形成戰術互補，在哥譚街頭展開立體化作戰。通過摧毀連接時空的機械核心裝置，聯合部隊成功瓦解了雙反派聯盟，并確保神龜能夠返回原有時空。這場跨維度協作不僅阻止了城市被黑暗勢力吞噬，更在決戰過程中建立了超越時空的英雄羈絆。