江戶時代百鬼夜行期間，長著娃娃臉并手持豆腐的妖怪豆腐小鬼（深田恭子配音）因無法完成嚇唬人類的任務，遭到父親見越大人（松平健配音）及同伴的譏諷。為證明自己，他帶著忠厚的達摩大叔（武田鐵矢配音）踏上尋找素未謀面母親的旅程。途中他們誤入戲子貍（宮迫博之配音）設下的陷阱，導致貍族以豆腐小鬼為人質挑起與妖怪族群的戰爭。意外重獲自由的豆腐小鬼沉睡兩百年后蘇醒，發現現代社會已被貪婪的人類破壞性開發所支配，并被貍族控制。與此同時，以掌控自然為目標的氣象控制系統"SORA"的研發成功，再次激化了貍族與妖怪之間的沖突。影片改編自京極夏彥小說《豆腐小僧雙六道中ふりだし》，通過跨越時代的奇幻冒險探討人與自然的關系變遷。