1999年，墜落地球的巨大隕石奪去了整個(gè)海洋。與此同時(shí)，地球外生物WORM亦開(kāi)始在世界各地繁殖。為了對(duì)抗在一瞬間支配了廣泛地區(qū)的WORM，人類成立了對(duì)WORM組織ZECT。ZECT開(kāi)發(fā)出幪面超人系統(tǒng)，投入戰(zhàn)場(chǎng)與WORM展開(kāi)激戰(zhàn)，時(shí)間就在這場(chǎng)戰(zhàn)爭(zhēng)中渡過(guò)了七年。2006年，在這個(gè)沙漠化的地球上，部分ZECT的成員因?yàn)椴粷M組織的束縛而結(jié)成獨(dú)立團(tuán)體NEOZECT，而ZECT亦開(kāi)始對(duì)這群背叛者進(jìn)行肅清。就在這時(shí)，天道總司，即是假面騎士KABUTO的出現(xiàn)，令戰(zhàn)局產(chǎn)生極大變化。ZECT總部得到一顆巨型冰塊彗星正在接近地球，於是提出「天空之梯子計(jì)劃」，於大氣層的太空站設(shè)置巨型CLOCKUP機(jī)器，製造轉(zhuǎn)移空間把彗星拉往地球，製造出莫大的水源。透過(guò)這個(gè)計(jì)劃，ZECT的權(quán)力就會(huì)越趨龐大，足以支配地球。此舉實(shí)為ZECT首領(lǐng)神代凌士的陰謀，試圖以彗星能量消滅所有WORM宿主實(shí)現(xiàn)人類純化。從天道手上得知這項(xiàng)情報(bào)的NEOZECT，亦決定搶奪這個(gè)計(jì)劃，壓抑ZECT繼續(xù)增大權(quán)力。為了組織而戰(zhàn)的ZECT戰(zhàn)士大和鐵騎與矢車想；為了自由而戰(zhàn)的NEOZECT戰(zhàn)士織田秀成和風(fēng)間大介；為了最愛(ài)的日和而戰(zhàn)的加賀美新，還有揭示自己原蟲(chóng)進(jìn)化體身份並試圖調(diào)和人類與WORM矛盾的天道總司；以及身份神秘的黃金假面騎士。在各人思想交錯(cuò)的漩渦中，假面騎士的戰(zhàn)鬥已延伸到浩瀚宇宙，最終在軌道電梯核心展開(kāi)決定地球命運(yùn)的對(duì)決。