為了紀(jì)念《游戲王》系列漫畫連載二十周年，本作講述了武藤游戲與寄宿于千年積木中的另一人格"暗游戲"完成最終對決并正式告別后，與伙伴們回歸平凡生活的故事。自稱藍(lán)神的神秘少年突然現(xiàn)身，并將游戲等人卷入異空間，與此同時(shí)執(zhí)著于與暗游戲?qū)Q的海馬瀨人，在積木沉眠處試圖復(fù)原千年積木以重現(xiàn)暗游戲。當(dāng)海馬即將完成積木時(shí)，藍(lán)神的真實(shí)身份被揭曉——其為貝卡斯口中"被遺忘之人"，因二十年前初代決斗王之戰(zhàn)引發(fā)的時(shí)空扭曲而誕生于數(shù)據(jù)洪流中的存在。他通過誘導(dǎo)海馬激活積木殘片，將現(xiàn)實(shí)世界與虛擬次元扭曲為決斗場域。游戲在伙伴們協(xié)助下重啟與暗游戲的羈絆，二人以精神共鳴為紐帶再次合體，在跨越次元界限的數(shù)據(jù)深淵中擊潰藍(lán)神的復(fù)仇計(jì)劃。最終海馬親手粉碎復(fù)原至最后的積木殘片，暗游戲在與游戲完成跨越時(shí)空的心靈對話后，隨著千年道具的徹底消散而永遠(yuǎn)沉入歷史長河。