故事發(fā)生在全年櫻花盛開(kāi)的新月形島嶼——初音島。兩年前神秘枯萎的櫻花突然重新綻放，主人公朝倉(cāng)純一進(jìn)入風(fēng)見(jiàn)學(xué)園后展現(xiàn)出與過(guò)去"好困"形象截然不同的勤勉開(kāi)朗性格。他的兩個(gè)妹妹中，朝倉(cāng)音夢(mèng)在櫻花首次枯萎時(shí)離開(kāi)了島嶼。隨著純一參與學(xué)園祭籌備并與妹妹們共同生活，眾人逐漸發(fā)現(xiàn)櫻花異變與島上時(shí)間流動(dòng)異常存在關(guān)聯(lián)。純一通過(guò)照料妹妹們的日常生活，逐步解開(kāi)兩年前端木家魔法使遺留的謎題，在楓與理樹(shù)等兒時(shí)玩伴協(xié)助下，最終修復(fù)了因時(shí)空紊亂導(dǎo)致的櫻花生命循環(huán)系統(tǒng)。故事以純一與妹妹們守護(hù)住這座承載著永恒春天的奇跡之島作為結(jié)局。