野原一家某夜同時夢見古裝劇中的古代美女阿廉公主，次日下午小新發現小白在庭院挖掘后挖出裝有書函的箱子，信件署明天正二年并繪有肥嘟嘟左衛門圖案。小新思考時意外穿越至戰國時代，陰差陽錯救下武士并見到夢中公主阿廉。原來阿廉肩負守護家族使命卻遭敵對勢力追殺，小新憑借現代知識協助其化解多次危機。野原廣志與美冴在夢境指引下穿越時空提供支援，揭露敵方首領企圖篡奪城池的陰謀。最終小新借由書函觸發時空回旋完成使命，與戰國眾人告別時發現阿廉公主竟是野原家祖先的傳說記載者。穿越經歷化作全家共同的秘密，庭院中殘留的古代玉佩印證著這段跨越時空的羈絆。