故事發生在被選召的孩子們首次接觸數碼世界的六年之后。2005年清晨，東京港區的海面泛著朝陽的微光，17歲的八神太一按停鬧鐘，從凌亂被窩中起身。他拉開窗簾時，光線映照在桌上那張記錄著往昔冒險的集體合照上。伴隨著弟弟"一路順風，哥哥"的送別聲，他騎著自行車駛向初夏澄澈的天空。數碼獸們的身影早已從現實世界消失，但舊日羈絆從未真正斷裂——當神秘信號突然打破平靜，被選召者們與搭檔數碼獸的重逢將以意想不到的方式實現。這場跨越數位世界的危機，將迫使成長后的少年們重新直面宿命的抉擇。