真壁一騎是個生長在對日本而言十分鄉(xiāng)下的龍宮島上的少年──對他來說，像這樣的和平是普通到不能在普通的狀況。但當(dāng)由硅所構(gòu)成的不明生物·異界體（Festum）開始攻擊龍宮島時，他才開始注意到他現(xiàn)在所擁有的和平生活不過只是個被創(chuàng)造出來的假象。逐漸發(fā)現(xiàn)龍宮島實為隱藏著對抗異界體要塞的真相后，為了取回被剝奪的生活，他與同伴們駕駛?cè)祟愌邪l(fā)的巨大兵器·法夫那（Fafner）投入戰(zhàn)斗。在與能讀取人類思維的敵人持續(xù)對抗中，駕駛員們逐漸面臨被硅生命同化的致命威脅。一騎為阻止弟弟紅音因駕駛法芙娜而加速同化，最終與異界體核心融合，在終結(jié)戰(zhàn)爭的同時完成了對和平本質(zhì)的救贖。