西歷2017年?yáng)|京上空突然出現(xiàn)謎之侵入者M(jìn)U，其目的與形態(tài)均超乎人類認(rèn)知。在對(duì)方壓倒性力量下各國(guó)軍隊(duì)接連潰敗，直至TOKYOJUPITER力場(chǎng)屏障建立后形成對(duì)峙局面。十年后的2027年，地球連軍仍持續(xù)在屏障內(nèi)進(jìn)行抵抗。MU族通過(guò)精神同調(diào)操控的超兵器不斷發(fā)起攻擊，而覺(jué)醒者神名綾人意外獲得神秘機(jī)體"翼神"的操控能力。隨著戰(zhàn)斗深入，綾人體內(nèi)沉睡的記憶逐漸復(fù)蘇，揭示出MU族為延續(xù)生存而戰(zhàn)的真相。最終人類與MU在東京屏障內(nèi)完成精神融合，綾人繼承雙方意志成為新世界締造者，終結(jié)了這場(chǎng)跨越維度的文明沖突。