2012年2月，東京鐵塔上空出現了巨大的數碼蛋。本宮大輔（20歲）與V仔獸在修行拉面技藝時，偶遇手持裂紋數碼器、自稱“殺死初代搭檔數碼獸”的神秘青年。該青年聲稱自己是世界上首位與數碼獸建立羈絆的人類，卻因過往的失敗陷入自我放逐。隨著數碼蛋破裂，被封印的古代黑暗勢力開始侵蝕現實世界，大輔與青年被迫聯手對抗威脅。在戰斗中，V仔獸通過新形態進化突破困境，而青年逐漸揭露其真實身份——初代被選召者八神太一。面對因數碼器失控導致搭檔獸消亡的過往，太一在大輔的堅持下重拾信念。最終，兩人借助數碼器共鳴修復數據裂縫，以雙重進化之力凈化墮落數碼獸，阻止了現實與數碼世界的崩壞。