未來世界，軍方研制強化戰士作戰能力的藥劑，卻弄巧成拙導致大量民眾沾染失敗的實驗制劑，并由此誕生了身體異于常人的生化人群體。軍方興建龐大的隔離建筑，同時研發出對付生化人的最終武器。生化人組織派出女戰士紫羅蘭（Milla Jovovich飾）潛入軍方內部，用暴力方式將最終武器搶奪。紫羅蘭難耐好奇，于路途中打開最終武器包裝，發現里面居然是一名男童（Cameron Bright飾）。原來男童擁有可以消滅生化人的血液抗原，紫羅蘭認為血液抗原亦可使生化人返回人類形態，不滿組織的粗暴解決方式遂決意背叛，攜自稱“6號”的男童踏上躲避軍方和生化人組織的亡命之旅。而男童的背后，還有更大的秘密尚未揭開——其抗原不僅關乎生化人存亡，更與軍方旨在系統性清除變異族群的終極計劃緊密相連。