故事以一連串女高中生離奇死亡事件展開，深陽學園2年C組的宮下藤花因行為異常逐漸引起關注。實際上，她體內寄宿著名為「BoogiepopPhantom」的第二重人格——一位以銀髮赤瞳形象現身、手持利刃的神秘存在。隨著調查深入，警方與校內學生發現這類死亡事件均與異常生命體「異種」的入侵有關，而Boogiepop真實身份實為專門清除威脅人類存續之超自然存在的「死神」。藤花在維持日常生活的同時，被迫承擔消滅異種的使命，其人格分裂狀態成為保護人類與自身安全的必然代價。故事通過多重視角揭示超自然威脅與人性掙扎的交織，探討存在意義與責任邊界。