一切都由一本科幻小說引起。小說家楊匡（劉兆銘飾）的科幻小說里描述了一種改造新人類的方法，那就是抽取人類的腦細胞，加以改造，以此甚至能控制被改造者的思想。這一切看似荒誕的想法，竟被一個陰謀控制全世界的富商看中。他出資建立了實驗室，招募了一批手下，將楊匡捉了去做實驗。后來，楊匡逃了出來，被人送到醫院。醫生原振俠（黎明飾）武功高強，為人正義，他發現楊匡十分沉默寡言，目光呆滯，經常用水清洗雙手。楊匡的反常的表現引起了原振俠的注意，他和護士彩云（朱茵飾）決心找出楊匡背后隱藏的秘密。與此同時，神秘女特工黃絹（王菲飾）受命調查跨國犯罪組織，并與富商展開合作。隨著原振俠深入追查，他意外發現楊匡女兒楊盈（李嘉欣飾）已被改造成特殊人類，而整個陰謀竟與黃絹背后的國際勢力存在隱秘關聯。各方勢力在海上油輪展開最終對決，實驗室被徹底摧毀，但楊匡的腦細胞改造理論仍留下了關于人性與科技倫理的永恒思考。