快樂的暑假開始了，啟人（津村真琴配音）為了掃墓來到風光秀麗的沖繩，在海邊與阿海（佐伯鵬配音）救下遭數碼獸襲擊的少女美波（三石琴乃配音）。這些數碼獸的目標是美波隨身攜帶的筆記本電腦，而意外事件促使神秘數碼獸石獅獸（津久井教生配音）誕生。啟人發現風靡全球的電子寵物V-Pet暗藏驚人秘密——美波電腦中儲存著能連接數碼世界的核心數據，而貪婪邪惡的曼法斯獸企圖利用虛擬數碼獸摧毀人類世界以建立新秩序。面對反派通過網絡滲透現實世界的危機，啟人與伙伴們必須借助石獅獸的力量和V-Pet的特殊功能，在數碼世界與現實之間展開雙重戰斗，最終通過團隊協作成功阻止了曼法斯獸的毀滅計劃。