在邪神加坦杰厄與迪迦奧特曼決戰結束后的兩年和平期，GUTS考古隊于南太平洋露露耶遺跡發現三尊邪神石像希特拉、達拉姆及女領袖卡美拉。盡管入間隊長警告古跡觸動可能引發危機，上級仍執意行動導致邪神復活。此時圓·大古已失去奧特曼力量，正與柳瀨蕾娜籌備婚禮。邪神軍團重啟攻勢之際，大古陷入無力困境，三千萬年前人類文明覆滅的記憶持續侵擾其精神。邪神意圖召喚首領重建黑暗統治，大古在戰友鼓舞下直面內心動搖，最終重獲迪迦之力。通過追溯超古代文明的犧牲真相，大古以迪迦形態與邪神展開最終決戰，在摧毀敵人核心后人類世界重歸安寧。