柯南與小五郎等人受邀前往太平洋中的神海島度假。這座流傳著海底宮殿遺跡和300年前女海盜寶藏傳說的島嶼，因大批尋寶獵人的到來而暗流涌動。小蘭和園子在潛水時遭遇鯊魚襲擊事件，獵人離奇死亡的現場讓柯南察覺異常。通過調查發現的"Jolly Roger"線索，柯南逐步揭開隱藏在傳說中的古代密碼。正當他接近真相時，尋寶者突然盜走關鍵寶藏，并劫持了小蘭與園子作為人質。柯南發現兩股尋寶勢力實為爭奪遺產的女海盜后裔，雙方在海底宮殿展開對峙。通過破解建筑結構謎題和古代航海圖信息，柯南成功營救被困同伴，并揭露了兩派為爭奪藏寶圖碎片而制造連環事件的真相。最終在潮水淹沒遺跡前，所有人員被平安救出，而柯南關于歷史謎題的推理也為這段跨越三個世紀的傳奇畫上句號。