東京、大阪、京都相繼發(fā)生殺人事件，5名死者皆是頭戴面具的黑影人用武士刀和弓箭瞬間殺害。警方調(diào)查發(fā)現(xiàn)死者均為盜取佛像及美術(shù)品的犯罪集團(tuán)“源氏螢”成員，該組織以義經(jīng)家臣命名共有8人，均持有《義經(jīng)記》且被奪走5本。京都古寺山能寺收到神秘畫(huà)謎信件，聲稱解謎可尋回8年前失竊的如來(lái)佛像。柯南、小蘭隨毛利偵探前往協(xié)助，而與新一齊名的大阪高中生服部平次因曾受其中一名死者關(guān)照，亦為調(diào)查案件及尋找初戀情人秘密抵達(dá)京都。柯南與服部聯(lián)手追查時(shí)，發(fā)現(xiàn)有人欲致平次于死地，并牽扯出“源氏螢”另一成員遇害事件，所有線索均指向畫(huà)謎核心。經(jīng)縝密推理揭露兇手為偽裝鞍馬天狗的和服店老板今劍公彥，其動(dòng)機(jī)關(guān)聯(lián)平家物語(yǔ)中的歷史恩怨。最終通過(guò)重組畫(huà)謎文字鎖定佛像藏匿于鞍馬寺，服部成功營(yíng)救被綁架的初戀情人葉村惠，并與柯南共同破解千年詛咒真相。